社區醫學研究中心自1996年起成立。設立宗旨為整合基礎醫學、臨床醫學及社區醫學之知識與技術，以社區醫院、衛生所、群體醫療執業中心為主體，結合政府與民間資源，透過各科醫學專家及相關領域學者之規劃與訓練，落實基層民眾醫療與保健業務，提升社區民眾健康照護品質；並提供長期且本土性之社區醫學研究，進行國際比較。茲將本中心的四大任務主軸說明如下：
為協助推動台灣在2005-2015達成「肺結核十年減半」之目標。本中心結合行政院衛生署疾病管制局與各縣市政府衛生局的資源，自2006-2012年間利用周休假日，走遍當時台灣地區25縣市，為各縣市所轄之鄉鎮市區衛生所培訓防癆社區志工（稱為防癆社區天使），厚植基層防癆實力。透過提供肺結核衛教及七分篩檢法等知識，鼓勵當地衛生所結合在地志工們研擬因地制宜的防癆策略。截至2012年底，本中心已辦理34場工作坊，培訓防癆社區天使5,783人，完成643,019人的七分篩檢。透過本項活動並已成功找出130位肺結核潛伏個案予以確診，相信有助於台灣早日達成十年減半之目標。
本中心自2000年成立「離島健康促進推動中心」，結合行政院衛生署的資源，開始輔導金門各鄉鎮成立社區健康營造中心。 2006年成立「離島地區社區健康營造輔導中心」，將馬祖、澎湖等地也納入輔導。2007年起，結合台灣身心健康促進學會的資源，連續七年(2007年~2013年)合作執行衛生署「離島地區社區健康營造輔導計劃」。總計負責金門縣(8個社區)、澎湖縣(7個社區)、連江縣(4個社區)、屏東縣琉球鄉以及金門縣、澎湖縣、連江縣三個衛生局共23個單位之輔導工作。目前已訂定之三大共同議題為：(一)結核病社區防治 (二)在地健康老化推動 (三)新住民健康生活輔導。本計畫在眾人多年來持續的關懷與努力，目前已初步達成五大目標：(1)縣級輔導機制之整合運作 (2)在地組織與資源結合 (3)志工招募與培訓 (4)疾病篩檢與健康促進 (5)因地制宜之健康議題。
本中心基於關心青少年身心健康，期盼協助學校推動校園健康人權教育，結合人權教育基金會、台灣身心健康促進學會等單位，歷經5年時間(2006-2010年)規劃，針對高中職及國民中小學發展全新的校園衛教模式，建構「健康人權教育網」http：//www.hhre.org.tw。本網站透過結合人權教育，以肺結核防治為切入點，全面關照青少年健康八大議題（包含：肺結核防治、身體活動量、健康體位、遠離菸害、視力健康、網路成癮、睡眠健康、情緒健康等），以初段預防的觀點，期盼協助各校針對校內教職員生、學區家長進行衛教宣導以及簡易篩檢工作，進而提升整體校園健康人權。本模式結合教育部的資源，自2010-2012年已在台北市、新北市及金門縣等地區高中職以及國中小學之行政人員（包含、校長、訓導主任、衛生組長以及校護、體健老師）成功試辦，獲得極為正面之迴響。截至2012年底已超過600所學校約20萬名學生上網施測。未來將持續推廣至台灣地區其他縣市，並規劃推動成人版網站問卷，以嘉惠更多國人。
宜蘭縣是一個人口老化，以及重大疾病與死亡率偏高的縣市。基於關懷民眾身心健康，本計畫由本中心與陽明大學附設醫院合作，結合陽明大學公共衛生研究所師生及社區天使隊(社區志工)、陽明十字軍、宜蘭市公所、各里里長及社區發展協會理事長、社區意見領袖及其他公司組織等，共同對宜蘭市65歲以上之老年長者，進行全面性的訪問及評估，項目包含：身高、體重、腰臀圍、血壓及心律之檢測，以及執行包含有關生理及心理健康之問卷調查；同時藉由訪問，亦可對獨居或有緊急需求之長者提供關懷及必要支持。藉此了解各社區健康狀態，以利後續協助推動健康促進。本計畫自2012年初開始，預計至2016年底，完成宜蘭市全部四十個里的訪視，以深入了解全市老人之健康狀態。並借重宜蘭市人口移動相對穩定的特性，建立研究世代，以利未來公共衛生之研究，及輔助各社區推動因地制宜的健康促進策略。